洪武五年和林之战中幸存下来的蒙元军队，主要有蛮子、哈剌章的军队及原属扩廊贴木儿的军队，这些军队全部参加了洪武二十一年的捕鱼儿海之战。他们虽然在和林逃脱了灭亡的命运，却最终在捕鱼儿海末能幸免。
首先，蒙元小朝廷直属的蛮子及哈剌章二人的军队，他们一直承担着保卫蒙元小朝廷的任务，《明太祖实录》详细地记载了他们在捕鱼儿海与蒙元小朝廷一起覆灭的过程。
其次，还有扩廊贴木儿的军队。扩廊贴木儿在和林之战之后跟随着爱猷识理达腊，转移到了"金山"，自然，扩廊贴木儿的军队也应该和爱猷识理达腊的军队会师在一起。《明太祖实录》记载扩廊贴木儿"卒于哈剌那海之衙庭"，死亡时间是洪武八年八月。其后，明军在洪武二十一年的捕鱼儿海之战中，俘虏了蒙元"詹事院同知脱因贴木儿"，脱因贴木儿就是扩廊贴木儿的弟弟，而此战之后，各种史料再也没有关于原属扩廊贴木儿的军队的记载，由此可知，包括脱因贴木儿在内的原属扩廊贴木儿的军队，已经在捕鱼儿海遭到了明军毁灭性的打击。
值得一提的是，明军还在捕鱼儿海俘虏了蒙元吴王朵儿只，朵儿只是成吉思汗同母弟哈赤温的后裔，他在世袭的封地上被俘，意味着成吉思汗亲自分封的哈赤温汗国的结束。
元主脱古思贴木儿及其子天保奴在逃亡途中被阿里不哥后裔也速迭儿所杀，与脱古思贴木儿一起逃亡的知院捏怯来、丞相失烈门于当年投降了明朝。自从元顺帝于至正二十八年（公元1368年）带领百官部属从元大都出逃之后，这个以元帝为首小朝廷经上都、应昌、和林、捕鱼儿海等一系统激战，至此基本上已经瓦解。
