五月，李自成弃武昌奔九宫山，途中遭遇地主团练袭击，李自成及部属二十余人被杀，余部与明师合兵一处，共同抗清。屠城扬州之后，清军渡长江破镇江，兵锋直指南京，钱谦益等众臣出降清军，弘光帝被降清的刘良佐俘获献于清军。
占领南京后，清军发布了“剃发令”。先是下令“文武军民，尽令剃发；倘有不从，以军法从事”，随后又发布命令，十日为限，“遵依者为我国之民，迟疑者同逆命之寇，必置重罪。”中国文化和历史最为野蛮、凶残的一幕出现了！江南地区数百年来文风鼎盛，深受中国传统文化滋养，数千年的文明，无数先贤圣人的教化，让江南的士子庶人保留了中国自古以来的温良恭俭让精神。面对国仇家恨，江南人民不再有风细柳斜的温婉，而是开始了百折不挠，视死如归的抗争。
1645年6月开始，嘉定人民为反“剃发令”，在黄淳耀、侯峒曾等领导下，坚守孤城，抗击清兵。7月4日，李成栋率清兵破城后，下令屠杀后退出嘉定。后朱瑛重兴义旅，继续抗清。26日，嘉定二次被清军攻破，再遭屠戮。至8月26日，原明把总吴之蕃反清失败后，嘉定再遭屠难。当时义民投河，水为不流；尸骨满路，血流漂杵。是谓“嘉定三屠”。
随后多铎下令：“江阴限三日剃发”。闰6月1日，江阴诸生百姓会集于孔庙明伦堂前，誓言：“头可断，发决不可剃!”随即捕杀清军所派县令方亨，占据县城。县民推举典史阎应元统领军务，抗御清军。阎应元领导人民，修缮城池，制作火器，严密防务，婴城守御。江阴人民坚持守城八十一天，前后挫败二十余万清军的进攻，打死清军七万五千人，并毙其“三王十八将”。至二十一日，因众寡悬殊，矢尽粮绝，清军以大炮破城，阎应元、陈明遇等壮烈牺牲。清军得城后，下令“满城杀尽，然后封刀”。史料载城外死者七万五千余人，城内死者九万七千余人，仅存大小五十三人。
