雨水一直威胁着大佛。在本世纪初，受周围工业区排放的影响，大佛曾遭受数年的酸雨冲刷，大佛眼睛的颜料被侵蚀后，产生了“大佛闭眼”的容貌。
如果要抵挡雨水，那么要不要给大佛，甚至整个山体加个“帽子”？曾任中国文化遗产研究院副院长的詹长法说，根据石窟考古和石窟寺建筑资料表明，尽管大佛在唐宋时有屋顶，但加帽子的思路仍在学界多年来争论不休。尤其当乐山大佛成为世界遗产地后，在其上面进行任何添加和去除都要通过严格的评估。“必须要有依据”。因为没有相对全面的科学研究，屋檐方案也同样搁置下来。
范元元介绍，大佛研究院正向国家文物局申报，探讨建设乐山大佛的遮盖保护性设施的可行性。但对大佛本体的遮盖，“国家文物局特别谨慎”。而孙博目前已经获得国家文物局支持，将于2022年对大佛附属窟龛的保护进行研究。“先做一个小型的实验。”通过对大佛附属窟龛进行遮蔽，能够得出数据，说明遮蔽物对大佛风化速度的作用。
范元元将研究的缺乏归因于过去技术水平不足。她提出，直到2013年，才找到专业设备架设在岷江的岛上，面对大佛进行三位扫描。“相当于人做了个X光。”这次探测过后，他们发现大佛的嘴巴是受过伤的。她指出，在早前技术手段不成熟的时候，“不动就是最好的保护”。
但国内其他石窟寺早已运用先进技术手段做了很多工作。詹长法介绍说，在同为世界文化遗产、全国重点文物保护单位的陕西彬县大佛寺，专家根据危岩渗水的检测，专门设计了疏导方案。“引导着不要从大佛面部、胸部或者表面流过就行。”而在2015年完成的大足石刻千手观音的抢救性保护工程，他带领团队使用了8种地质勘测技术，将整个岩体内排水渗水的通路都调查清晰。
“但我们做得还不够，绝对不够，甚至可以说就是没有。”詹长法说，以现在的技术水平与条件，如果想把乐山大佛体内的排水渗水机制查清楚，是“完全可以做到的”，但为什么没有做？
此外，詹长法还指出，中国已有9处石窟寺列入世界遗产地名单，都面临和乐山大佛同样的问题。虽然在改革开放以来做了大量的基础性工作，但在石窟考古、技术勘测、综合科学评估等方面比较薄弱，对中国石窟寺保护利用领域的创新思维相对滞后，“缺乏认真、严肃、客观、科学和准确的描述”。
对现代研究者来说，甚至连古人的用意都未能完全摸透。1300年前的建造者，为大佛设计了巧妙的排水系统，他们利用大佛的衣领褶皱和发髻设置排水沟槽，在大佛头部、肩部、胸部后侧与山体连接处，还凿了三个排水廊道。除了乐山大佛，在龙门石窟、云冈石窟等著名摩崖石刻，也都由早期古人修建了巧妙的排水设施。
没人能说清改造千年前排水廊道后的效果。“廊道靠近山体的一侧，是钟乳石样的，靠近大佛的却是干的。”范元元介绍，最神秘的，是大佛胸口后面的第三层排水廊道，与其说是廊道，不如说是两个没有贯通的洞口。“这两侧廊道都是在大佛建造时凿刻的，是不对称的，我们要考证为什么没有贯通。”
在30年前的治水建议中，专家建议将胸口廊道贯通，还有人建议是修建竖井排水，但范元元认为，这都是“贸然”的举措，还需要请地质学家和力学专家研究承载大佛的基岩，看能否有足够的承受能力，“会不会造成大佛的不稳定？”这项研究如今仍未结题，还没有定论。
2021年，乐山大佛风景名胜区管理委员会（下称“乐山大佛管委会”）再度向国家文物局申报大佛治水项目，仍未获立项。
在川渝地区，除了最大的乐山大佛，还有上千座石窟寺，它们都面临雨水和渗水的威胁，但也都屹立千年而不倒。詹长法期望，乐山大佛保护工程能成为保护石窟寺的示范性项目，“专业队伍配置起来，科研设备架设起来，合作机制建立起来。如果乐山大佛的问题能够妥善解决，那么对川渝地区的上千座石窟寺都是个福音。”
乐山大佛高62米，已经是凌云山生态系统的一部分。“山是一座佛，佛是一座山。”詹长法提出，对大佛的治理应当伴随着环境整治，“（治理）严肃复杂且久远，所以我们必须要有心理准备，需要有计划，有耐心。”
