任何制度，有一利必有一弊，朱元璋的子孙可没有他那么认真负责，大多数属于纨绔子弟，对于朱元璋的一些政策，也也没有执行，或者变相偷工减料，因此，黄册和鱼鳞图册制度在明朝中后期已经有名无实，处于崩溃了，而且大量的数据经过了篡改，因此社会上虽然出现了流民，但是黄册上并没有显示，这项制度的功能在晚明完全无法体现，这也是朱元璋所想不到的。
为什么要篡改黄册和鱼鳞图册的数据呢?因为随着封建集权的深入，土地兼并的现象越来越严重，人丁事产本身就是在变动之中，因此，很多地方官府编造图册时流于形式，更有甚者，地主或者富农买通官府，随意改写图册上的数据，使自家的土地变得更多或者变得更好，而且还要尽量避免缴纳过多的税收，如此篡改，以至于无法真实的反映户与地的确切关系。
顾炎武在其代表作《天下郡国利弊书》中曾指出：“无田之家其册乃有田，有田之家其轻重多寡皆非的数，名曰黄册，实为伪册也。”可谓一针见血，长此以往，则小农之家就将面临无田耕种的境遇，而地主之家则会拥有大量的土地，而且都是质量上好的田地，两极分化就会越来越严重。
当小农之家无田可以耕种时，他们就基本失去了生存的来源，他们还要承受着自然灾害的摧残，更重要的是，国家赋税是以黄册和鱼鳞图册的数据作为基本依据，而这些数据与现实是不相符的，因此，这些小农之家还要承担定额的赋税，为了逃避赋税，他们就只能选择背井离乡，再去寻找另外的生存方式，而这群人基本上就会成为流浪者、乞丐，等等，流民便出现了。
在明朝成化年间，荆襄地区就曾出现过流民起义，一度影响统治，虽然最终起义被平定下来，但足以令统治者心有余悸，一个王朝进入中期，社会矛盾已经开始激化，土地兼并成为最大的隐患，此后，国家的财政出现了空前的危机。
明朝隆庆万历年间，国家财政赤字严重，为了缓解财政危机，于是有了张居正新政，并实施了著名的“一条鞭法”，张居正新政的重要措施，就是重新丈量天下田亩，其中有一个重要目的，就是重新编修黄册和鱼鳞图册，让藏匿土地，偷逃赋税的人按此补缴税收，让小农之家有田可种，并以此为国家征收赋税的依据，万历九年，这项庞大的工程基本完工，因此，万历初年成为大明王朝最为富裕的时间段，可惜，万历十年，张居正病逝，万历皇帝对张居正进行了残酷的清算，但是，这项新政所带来的好处，却让大明王朝续命多年。
直到天启崇祯年间，大明王朝内忧外患，光抵御清军的军饷(即辽饷)就占去了国库每年收入的三分之二以上，晚明时期，在理财方面缺乏人才，或者说是皇帝没有提拔重用这种类型的人才，导致国家财政堪忧!
魏忠贤提出征收工商税，虽然说是为了方便自己贪污捞钱，但是却在客观上缓解国家岌岌可危，已经非常脆弱的财政，而东林党却废除了工商税，有一部分诸如杨涟、左光斗是为了江山社稷的堂堂君子，而也有一部分人则是为了个人私利，须知东林党的不少成员都是江南富豪，而工商税的征收对象就是这群人。
正是由于国家财政堪忧，特别是陕北一带，更是贫瘠之地，李自成托关系在驿站干了一份差事，可国家却把驿站给裁撤了，张献忠原先是在部队里干的，后来还当过捕快，算是在公家里做过临时工吧!后来被辞退，可见，下岗员工李自成，被辞退临时工张献忠是在没有了活路的前提下，只得揭竿而起，起义造反了!
农民军的主力成员，绝大多数都是失去土地、背井离乡的流民，其实农民要争的，也就是土地，朱元璋很清楚这一点，所以才制定这些制度来防止流民现象的出现，可是，他始终没有成功，他的子孙长于妇人之手，养于深宫之中，可能无法体会老百姓的疾苦，更不懂得流民是什么，崇祯皇帝倒是想弄懂，可惜，当他懂的时候，李自成已经攻破北京城了!看看大明王朝的兴与亡，是兴也流民，亡也流民啊!
