我们先简单介绍一下鼠疫杆菌。为什么它能够在明末肆无忌惮传播呢？鼠疫杆菌能够引发腺鼠疫、肺鼠疫和败血型鼠疫等疫症，在明末的医疗条件下，基本是无法医治的，根据现代科研结果，感染腺鼠疫者死亡率高达百分之七十五，而肺鼠疫的感染者死亡率更是达到惊人的接近百分之百。
再加上人类对于鼠疫杆菌没有天然的免疫力，所以鼠疫一旦出现，就很容易感染，可以说，在鼠疫面前，人类极少能有抵抗能力。明末的旱灾使得老鼠们缺少食物，身体自然个个虚弱，鼠疫杆菌趁虚而入，很快数量庞大的老鼠种群都携带了细菌，通过和人类的接触，甚至饥不择食的人类将感染后的老鼠吃下去等等行为，都使得鼠疫的传播速度大增。
鼠疫最早爆发于山西，万历八年（1580），先是在山西大同"瘟疫大作，十室九病，传染者接踵而亡，数口之家，一染此疫，十有一二甚至阖门不起者。"而后在距离不远的潞安府，其治所是今天的山西省长治市，也"是岁大疫，肿项善染，病者不敢问，死者不敢吊。"
除了这两地，鼠疫还在山西的太原、忻州等多地大肆传播，并且逐渐向其他地区传播，受灾面积越来越大。崇祯七年（1634）至八年（1635），今天山西吕梁的兴县，当地百姓为了躲避鼠疫而尽数逃散，使得兴县几乎成为一座空城，而逃走的百姓其实许多都已经感染，于是鼠疫杆菌又借此渡过黄河，来到陕西。
