波斯国王为了防止摩尼教"蛊惑"人心，稳固自己的统治，波斯国王于公元276年禁止摩尼教传播，称它为异教，并对摩尼处于极刑。有一些信徒却向东逃亡到中亚，加入了中亚摩尼教教会，摩尼教在波斯差不多灭亡。所以后来的明教实际和摩尼教已经没有什么关联了。651年阿拉伯帝国战胜波斯王朝，并大力传播伊斯兰教，摩尼教在波斯本土彻底灭亡。
传入中亚的中亚摩尼教也在穆斯林和蒙古集团的压制下被迫灭亡，传入中国的明教成为摩尼教仅剩的一点血脉，所以《倚门屠龙记》中说摩尼教不远千里来找圣女是不正确的。那么明教在元未时虽然能算主导力量，但是因为白莲教和佛教都分走了部分实力。在朱元璋参加郭子兴的红巾军来反抗元朝统治时，红巾军就是打着"明王出世，普度众生"的旗号的。
而且当时红巾军的领导人韩山同自称明王，郭子兴是韩山同的部下，所以朱元璋和明教实际上有着千丝万缕的联系，为了不辜负众人的初心，最后朱元璋定国号为"明"。但是朱元璋依靠明教起家，在他当皇帝后却宣布明教，白莲教等秘密组织为旁门左道，不得在明朝传播，并把它写进《明律》里。
明教成为最高统治者的眼中钉，肉中刺。明教在大明接近于毁灭，虽然后来也有人借白莲教发动起义，但是它已经没有当年的威望了，明教慢慢退出了历史的舞台
