但是元朝的军事力量虽然退居蒙古，威胁仍然存在。洪武二十年，辽东归附，为了更好的控制北边，朱元璋心中再次想要迁都西北，初步选定了长安和洛阳。到了洪武二十四年，由皇长子亲自前往西北巡视，对两边的地形进行详细比较。太子经过勘察献出了陕西的地图，并提出了自己的医院。无奈次年太子朱标薨逝，此时已经六十五岁的朱元璋在长子离世的打击下，失去了迁都的勇气。
都城建立在南京主要是为了方便粮食等的供应，但是还存在一个很严重的问题，元朝的主要兵力都跟着跑到了蒙古，而且军事实力基本没有收到破坏，时时刻刻想着翻盘，所以建都南京，北方的防御就成了难题。如果让哪个将军带上十数万兵马镇守北方，尾大不掉，藩镇跋扈，那估计朱元璋就担心的连觉也睡不着了。万一这个将军叛变了，那可怎么办？
于是，他想到了分藩王。把自己的儿子分到沿边地区。燕王朱棣在北平，晋王在山西，秦王在陕西，肃王在甘肃……每个王府都配有军队。亲王们不但可以指挥自己的军队，在皇帝授命后，还可以节制当地的军队。
朱元璋决定分封藩王，是在称帝后第二年，不过诸位亲王就藩，却是到了九年之后，主要原因除了因为部分皇子年龄太小，还有一个重要的原因就是京都还没有完全确定。所以，洪武十一年之后，诸位亲王逐渐成年就藩，分布在全国的各个军事要地。边塞诸王主要作用在于防止蒙古入侵，控制东北众蛮夷，内地诸王则镇守藩地。
