万万没有想到，凤阳的繁荣只是昙花一现，因为大量的移民带来了大量的人口，这些人都需要 土地，都要靠天吃饭，凤阳最好的地都被权贵占据，剩下的人只能到处开荒生存，开荒就会破坏自然环境。于是一个个山头被夷平，一片片树木被砍倒，一个个湖泊被填平，土地被开垦出来，这样带来是巨大的水土流失，使得淮河流域水蓄泄失宜，破坏了当地生态环境。明初期，有政策的扶持，问题还没有暴露出来，但随着朱元璋驾崩，朱棣靖难之后主要精力是建设北京皇城，早就把凤阳老家的事给忘记了，凤阳就这样在明朝皇帝中一点点的漠视了。
在明朝中晚期，大自然开始报复，凤阳旱涝灾越来越频繁，以至"凤阳十年九荒，非旱则雨，百姓饿殍千里"，凤阳人口开始大量外出逃荒，以至十室九空，到了万历六年，凤阳仅剩下13894人，是回到了元末时期，看来一地方的振兴，仅靠政策上扶持是不行的。
