为了增加成功的可能性，朱棣想到了手握精兵的朱权，希望得到他的帮助，于是，他直奔大宁，将朱权半哄骗半强迫地拉上了自己的贼船。加入朱棣阵营后，朱权多次为其草拟檄文，而为了稳定住这个小自己十八岁的弟弟，朱棣曾做出"事成后平分天下"的许诺，但这当然只是张空头支票。
成功夺取政权后，朱棣风风光光当上了皇帝，而失去兵权的朱权自然不可能真的获得大明王朝的半壁江山。甚至，当朱权提出想要改自己的封地为苏州时，都因为距离南京太近而遭到了朱棣的无情拒绝。万般无奈之下，朱权只得挑选了一个较为偏僻，不会威胁到朱棣统治的南昌作为新封地。
为了避免遭到加害，朱权到达南昌后便开始了韬光养晦的生活，他寄情琴书，终日娱乐，因此才得以安全度过了朱棣统治的时期。朱棣去世后，继位的朱高炽以性情温和仁慈著称，不想继续待在南昌的朱权上书表示南昌并非自己的封地，但朱高炽回复叔叔道："南昌，叔父受之皇考已二十余年，非封国而何？"
朱高炽在位不到一年便去世，继承其位的是宣宗朱瞻基，宣宗在位期间，朱权因主张不应在宗室中确定品级而遭到皇帝的责备，好在他及时谢罪，这才逃过一劫。随着年纪渐老和政治观点的不被接纳，朱权开始整日只与文人交往，不参与朝廷的政治斗争，他自号"月瞿仙"，其渴望超脱尘世之意显而易见。
明英宗正统十三年（1448），朱权去世于自己的王府当中，享年七十一岁，朝廷为其赐谥为"献"。作为朱元璋诸子当中最长寿的一个，朱权一生经历了太祖、建文帝、成祖、仁宗、宣宗、英宗六位皇帝，而尽管没有掌握过多少实权，也没能建立多少功绩，但仅仅是凭借当了近六十年王爷，享受无数荣华富贵，且最后安详离去这一点，他就已经很值得羡慕了。
