由于，《大明律》中并没有限制私人土地买卖，所以，地主阶级兼并土地的情况越来越严重。隆庆帝登基后下令清查全国田产，限制土地买卖，有效遏止了地主兼并土地，淡化因贫富差而产生的阶级矛盾。
隆庆年间，蒙古人大举入侵，这就是历史上著名的"庚戌之变"，一支蒙古骑兵从山西方向迂回进攻直逼京城。朱载垕立即调遣边防军回守京师，所幸侵略者并未进攻京城，而是在周围大肆掠夺一番随后撤回蒙古。
虽说有惊无险，但是，这次的事件还是让隆庆帝吃了个教训，此后，朱载垕则更加重视北方防务。此时，内阁张居正、高拱等人建议，明朝应与蒙古大汗讲和，封他为藩王，并在明朝北部开设马市，促进与蒙古人的经济沟通。
