清朝建立以后，在很大程度上继承了明朝的制度，也包括内阁制度。到清康熙初年，内阁制度逐渐定型。乾隆十三年十二月初四（1749年1月22日），定内阁大学士以三殿三阁（保和殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁、体仁阁）系衔，共四员，满汉各二员。内阁大学士官居一品，从名义上位极人臣。但是，在清朝内阁的权力却在逐渐降低。尤其是在雍正设立军机处之后，内阁更成了摆设，只是负责处理政府日常公文，而没有权力接触到朝廷重要机要事务。不过，内阁始终没有裁撤，一直到清朝末年，内阁一直都存在。而内阁大学士也成了极高的荣誉性职务，比如李鸿章担任文华殿大学士二十多年，实际上李鸿章很少在北京，自然不会去实际过问内阁事务。
雍正初年，由于需要对西北用兵，雍正皇帝在隆宗门内设军机房，协助皇帝处理紧急军务。后来逐渐演变成了军机处。军机处设立军机大臣数人，一般由朝中重臣兼任，其中资历最深者称为首席军机大臣。军机处起初仅处理军务，后来其他重要事务也都其负责处理。我们前面说，内阁相当于皇帝的秘书。而军机处则是相当于皇帝的机要秘书。重大事务都是皇帝哥几个军机大臣商议处理。经军机处处理的事务，一般都不会公开，军机大臣根据皇帝的意见草拟意见，皇帝红笔改定之后，交军机处发出，成为廷寄，直接发给具体办事人员。而经过内阁发出的圣旨，都是不涉密的，都是可以公开的，称为明发上谕。内阁大学士只有兼任军机大臣，才会接触到朝廷机密。比如李鸿章虽然担任文华殿大学士二十多年，位极人臣。但他始终没有兼任过军机大臣，也就是说，李鸿章根本没有进入清朝权力运作的核心层。
到了清朝末年，内外都在呼吁变革，最终1911年，清朝政府决定撤销军机处，改行责任内阁。原来的内阁和军机处也就推出了历史舞台。
