不过，到了明朝初年，朱元璋建立明朝后，起初也是沿袭了前代的制度，中央设立了左右丞相来作为皇帝的重要辅佐。但是在发生了丞相胡惟庸"谋反"案件之后，朱元璋大怒，下令废除宰相制度，今后大明朝不再设立宰相，任何人胆敢提议设宰相，处以极刑。就这样，明朝的专制集权达到了顶峰。朱元璋以皇帝而兼任丞相，要求各部门直接向皇帝本人负责。于是，朱元璋成了空前劳累的皇帝。他在拼命支撑了一段时间之后，终于受不了了，他需要找帮手。但是，他不想改变此前不设丞相的决定。他下令选择了一些品级非常低的文人来帮助自己起草文书。这些人地位低，好控制。后来，到明成祖朱棣的时候，就逐渐演变成了明朝的内阁制度。
从明英宗以后，内阁制度逐渐成熟，内阁的权力也开始变大。内阁设大学士数人，到明嘉靖年间，内阁大学士的品级超过了六部尚书。内阁大学士中以一人为首，成为内阁首辅。到万历初年，张居正担任内阁首辅的时候，内阁的权力就达到了顶峰，内阁大学士在很大程度上发挥了昔日丞相发挥的作用。
但是，内阁大学士并不是丞相。一则说，有朱元璋的祖制在，他们都没有宰相之名。张居正的时代里，他的政敌就曾经弹劾他以宰相自居。二则说，他们只是相当于皇帝的秘书，最终的决策权并不在他们这里。各地的奏章送到中央之后，先由内阁草拟处理意见，成为票拟。然后送给皇帝，皇帝用红颜色的笔来批复是否按照内阁的意见来办理，成为朱批。后来，一些皇帝比较懒惰，没工夫去看奏章，干脆让自己身边的宦官代替自己去批复，于是，司礼监秉笔大太监就掌握了巨大的权力，比如魏忠贤等人。
