之后吴三桂带着家人来到了北京，随后就听到了崇祯去世的消息。已经没有主人的吴三桂选择向李自成投降，并且得到了李自成的嘉赏。但他却拒绝了返回关宁前线的命令。在知道父亲和爱妾陈圆圆受尽侮辱以后，吴三桂又开始给崇祯皇帝报仇雪恨了。他最后赶紧去了东北一带，迅速离开了北京。
那么，当时的北京城里究竟发生了什么，是什么导致明朝、李自成的军队无法抵抗的？答案是鼠疫。在明朝末年，气候突然发生了变化，气温降低。虽然人们的生活受到了影响，但是细菌的繁衍却急剧增加。那时候，在北京城里的鼠疫格外严重，军队中的士兵因为鼠疫的影响战斗力也开始变弱了。李自成在攻打北京时，疫情是最严重的时候，所以明朝的军队只坚持了不到二十四小时就以失败告终。
而李自成来到北京后，鼠疫的严重程度超出了他的想象。对于他来说，把东西收拾好逃回西安才是最好的办法，可是在一定程度上士兵已经染上了鼠疫，所以战斗能力自然下降。另外，吴三桂也是考虑到鼠疫的问题，才带着家人和军队跑到了东北，拒绝回到关宁，却没想到把疫情也一起带了过去。
因此，鼠疫才是导致北京城中军队变弱的原因，同时也把李自成和吴三桂坑了。
