第二年，崇祯让孙传庭都督保定、山东、河南三镇军务。孙传庭请求进谏皇帝，在杨嗣昌作梗下，崇祯皇帝下旨不见。伤心至极、耳朵聋了的孙传庭请求辞职休息。结果，明末历史上最有意思的一幕出现了，杨嗣昌对崇祯皇帝说，孙传庭是装病托辞。于是崇祯皇帝大怒，派巡抚杨一俊去看看孙传庭是不是真的聋了。杨巡抚回来后说，真的聋了。崇祯大怒，将杨一俊下狱。然后，崇祯又将战功赫赫的孙传庭下狱，满朝文武都知道孙传庭冤枉，但是没人敢出头替他申辩。孙传庭何罪？杨一俊何罪？这就是传说中总被群臣蒙蔽的、自己特别勤政的崇祯皇帝。真的是诸臣误皇帝？历史自在人心。孙传庭下狱三年，三年间，本已经销声匿迹的闯王李自成，再次出山，在河南地区再度成了气候，拥兵几十万，官军一败再败。
>明史：嗣昌又劾其托疾，非真聋，帝遂发怒，斥为民，下巡抚杨一俊核真伪，一俊奏言：“真聋，非托疾。”并下一俊狱。
三.被逼出战，一代名将身死
崇祯十五年，李自成又包围了开封，官军一败再败，无力回天。这时候，崇祯又想起了战功赫赫的孙传庭。终于，崇祯亲自诏对孙传庭，听取他的剿贼安民之策（早干嘛去了）。之后，就匆匆让孙传庭率军解围开封。结果李自成撤军，转道陕西，杀了陕西总督汪乔年。崇祯又急令救火大队长孙传庭去陕西。孙传庭在陕西修整了几个月，训练了一批新兵。这时，崇祯皇帝不断催促孙传庭出击。孙传庭说新兵没有训练好，不能打仗，崇祯不允许。孙传庭无奈，像当年的卢象升一样，再次近乎悲壮的出击。
秦军出征
孙传庭是一代名将，可是此时的李自成已经拥兵数十万，而且经过几年的战斗，积攒了宝贵的军事经验，有了一批百折不挠、百战不屈的老兵，装备、战斗力大为提升，甚至都有了重装骑兵。而此时孙传庭的军队确是一群新兵，力量对比悬殊。孙传庭首先日夜潜行于山中，出其不意打了农民军一个埋伏，但农民军人数众多，于是官军先胜后败，退往潼关。
孙传庭明白，三年在牢狱，世上已千年。农民军已今非昔比了。于是孙传庭在潼关积极备战、招兵买马，并且发明了一种火炮战车，打造了两万余辆，战斗时刻可以对付农民军的重骑兵，防守时候可以当营帐。但是朝廷不给钱饷，又屡屡催战，导致陕西民怨沸腾，因为陕西本地养不起这支军队。这支军队训练还未成形，又被崇祯皇帝催促出战。为了逼迫秦军出战，崇祯给孙传庭加尚方宝剑，进督师。孙传庭捶胸顿足、大声疾呼：“我知道此去我回不来了，但是有什么办法呢？我身为大丈夫，怎么能在面对狱吏！”秦军再次强行出征。
