有不少人都建议他，适当地低头，让王振得些面子，哪怕不升官，他也不会讨厌你。可于谦坚决拒绝，并且表示，自己最厌恶的，就是那些手握大权，却不为百姓着想的人。其弦外之音，当然让王振觉得不满。在不久后，就指使自己的小弟，让人弹劾他不当执法，把于谦关到了监狱里。甚至在背后给皇帝吹耳边风，使得于谦被判了死刑。可群众百姓得知后，无法接受自己的恩人入狱，于是写了上千人的联名书，使得王振不得不再找了个理由，将于谦放了出来，然后降职处理。
但是于谦虽然遭了一劫，却仍然没有向奸臣妥协，依然将百姓和国家，放在自己心中最重要的位置。但是好景不长，1449年，蒙古见到明朝势衰，于是大举入侵，一路南下，到了土木堡。而把持朝政的王振，认为这些人不过是泛泛之辈，于是怂恿明英宗亲自上阵，去前线鼓舞士气。
不明就里的明英宗，还以为自己亲自上阵很有意义，于是采纳了他的意见。但是清楚蒙古实力的于谦，自然是带着为数不多的忠臣劝谏，希望皇帝待在后方，可惜的是他的意见却没有被采纳。不久后，土木堡事变出现，明英宗被俘，王振被杀。于谦危难之中，紧急上任为京师的军事总帅，而另外一个皇室宗亲也暂时成为皇帝，启用了于谦等人。
