随后，新竹清华大学公开回应表示，研究院不属于该校，只是通过基金会租借了办公室，校方没有参与运作，该校还直接点名了几家机构，要求其立即停止诬陷的行为，公开道歉，学校将保留法律追诉权。
但对于该校的说法，民进党不信。"陆委会主委"邱太三称，后续若确定违法违规，会依照"两岸人民关系条例"处置。他还声称，过去当局基于尊重学术，很少调查学术单位是否有被渗透的情形，结果使其变成"可能的破口"；借这次机会，将对所有大专院校进行完整检视，调查是否有类似违反法规的情形。
台教育部门也"下场"了，其要求相关机构立即停止运作，并罚款新台币10万元。
本月10日，国台办发言人朱凤莲曾回应此事表示，据了解，清华海峡研究院是一家以企业化方式运作的科研机构，2015年成立以来，为推动两岸科技交流和创新、促进两岸融合发展发挥了积极作用。
朱凤莲指出，民进党当局惯于以种种借口为两岸同胞交流合作设置障碍，不断地进行干扰破坏，这是民进党当局阻挠限制两岸正常交流合作的又一恶例，这种倒行逆施是不得人心的。
12日，国民党"立委"郑正钤在会议中指出，新竹清华和北京清华本来就有很深的历史渊源，民进党"立委"最近不断"抹红"新竹清华大学，怎么可以如此操作？对此，苏贞昌竟直接回复称"吵死了"。
郑正钤接着批评民进党，"你们数典忘祖，历史是持续下来的，不了解历史还争执，你的祖先也不是直接从石头蹦出来的，也是有渊源。"
苏贞昌又称，"少乱骂，吵死了"，他还重新将数典忘祖一词进行了解释，大言不惭称"什么叫数典忘祖？在台湾土地上，吃台湾米、喝台湾水，还为别人讲话，这才叫做数典忘祖。"
对于苏贞昌多次在会议中说"吵死了"一事，13日，台湾名嘴罗友志表示，苏贞昌政治焦虑到丧心病狂的地步了，而蔡英文还留着他，彻底疯狂了。
罗友志直言，苏贞昌根本是独裁者，他不但不可能聆听不同党派的声音，连非自己派系的都下手毫不手软，活像一只全身防备的刺猬，谁靠近都当作不怀好意，"吵死了"这种话随意脱口而出，自然展现、毫不遮掩，霸道思想、唯我独尊的态度溢于言表。随后，他嘲讽，"这种人，还好'只是''行政院长'，你不觉得该庆幸了吗？！"
