除了来自消费者的投诉，三只松鼠还曾因食品安全问题被国家食品药品监督管理总局通报过。
2017年8月15日，国家食药监总局发布的《总局关于3批次食品不合格情况的通告》显示，在天猫商城销售的三只松鼠股份有限公司生产的开心果，霉菌检查结果为“70CFU/克”，而标准值上限是“25CFU/克”，三只松鼠该批次开心果霉菌超过标准值上限180%。
今年5月，三只松鼠生产的“开口松子”，在重庆某超市被抽查出不合格。具体指标是“过氧化值”，标准值是每100克不超0.5克，但该批次抽查样品达到每100克2.2克，超标340%。
此外，三只松鼠还曾陷入“食品致癌物超标”的争议中。2020年10月，深圳市消委会在官网发布《2020年薯片中外对比比较试验报告》，挑选了15款国内外知名品牌薯片进行比较试验，其中，三只松鼠原味脆薯的丙烯酰胺（2A类致癌物）含量超过了2000μg/kg，而欧盟制定的基准水平值为750μg/kg。
三只松鼠原味脆薯致癌物超标
食品安全问题频发的同时，三只松鼠却在几年间就做到营收百亿的规模。
业绩的高速增长，与三只松鼠不断增长的销售费用密不可分。
据统计，2016年—2020年，三只松鼠销售费用分别为9.18亿元、10.75亿元、14.61亿元、22.98亿元及17.12亿元。而2020年公司销售费用下降，也并非其有意缩减开支所致。据财报显示，这是由于会计政策变更所致，运输费、包装费计入营业成本。
究竟是什么原因造成三只松鼠的投诉量居高不下，又屡屡登上监管部门的“黑名单”？有业内人士表示，这或许与三只松鼠采用的代工模式。
与持续烧钱做营销相比，三只松鼠在产品上一直采用“贴牌代工”模式。三只松鼠的章燎原将这种模式形容为“我们不生产零食，只是零食的搬运工”。
三只松鼠所销售产品主要是由多家供应商共同供货，委托合作联盟工厂进行加工的方式进行生产，然后统一贴上“三只松鼠”的品牌标签对外销售，说到底还是靠着电商流量在做“贴牌生意”。
据业内人士介绍，代工模式的好处是可以加快供给速度，缩短到货时间，一定程度上可以减少加工成本，促进企业的规模化，但同时非常考验企业的供应链管理水平，因为企业无法保证每个代工厂的每个环节都不出问题。
当年三只松鼠首发过会时，就被证监会发审委要求说明，公司在原材料采购、食品检测、生产及添加剂添加、储存、运输、保管等各个环节的产品质量及食品安全的内部控制制度是否健全并得到有效执行等。
说到底，这样的“贴牌代工”模式，在产品质量的把控上，和供应链的控制上，都要逊于那些拥有自建生产线、自产自销的友商。食品安全这条命脉不掌握在自己手里，频频出现相关问题似乎也就在情理之中了。眼下，三只松鼠最紧要的任务，就是解决好食品安全问题，否则积累的投诉越来越多，而信赖这个品牌的消费者只会越来越少。
