巡抚也能掌管一定的军权，但是总体上来说还是地方的政务官员，总督和巡抚之间的差别是，巡抚只掌管一省事务，掌管地域范围比总督要小一些，巡抚的为从二品，加兵部侍郎衔，可以为正二品。
（清朝巡抚）
巡抚和总督之间的关系很微妙的，两者都是直接对中央负责，并不存在直接的上下级和隶属关系。
尤其是清朝前期，地方军事事务大部分集中在提督手中，总督和巡抚在军事上的影响力有限，然而太平天国运动后，全国的绿营都遭到一定程度的打压，反而是湘军、淮军这样的地方团练成为抵抗的最重要的力量，湘军、淮军中走出的将领被封为总督、巡抚后，也掌握了军权以及地方事权，到这个时候，总督和巡抚的实际权力是大于提督的。
