洪武二十一年（1388年），蓝玉统率十五万大军出大宁，于捕鱼儿海大败蒙古可汗脱古思帖木儿，北元残余主力遭遇到毁灭性打击，脱古思帖木儿与太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人逃往和林途中，在土剌河一带和儿子天保奴一起被部将速迭儿缢杀。
捕鱼儿海之战后，黄金家族彻底丧失了在蒙古人心目中的至高无上地位，此后大多数蒙古部落纷纷脱离统治，蒙古草原就此正式分裂为瓦剌和鞑靼两部，其中鞑靼奉黄金家族后裔孛儿只斤·本雅失里为汗，大权却掌握在太师阿鲁台手中；瓦剌则以马哈木、太平、把秃孛罗所部为最。为了争夺蒙古汗位，瓦剌和鞑靼部频繁争战，势力各有消长。
鞑靼衰弱后瓦剌趁机崛起
明永乐八年（1409年），太师阿鲁台杀明朝使节郭骥，明成祖朱棣一怒之下派大将丘福率军10万北征，结果丘福轻敌冒进遭遇惨败。于是，从次年开始，明成祖朱棣先后五次率军亲征蒙古，在朱棣的打击之下，鞑靼损失惨重，可汗本雅失里也被瓦剌袭杀。
明朝由于明成祖的连年征战国力损耗严重，因而在仁宣年间开始从战略进攻转入战略防御，而瓦剌则趁机开始强势崛起。宣德九年（1434年），瓦剌首领绰罗斯·脱欢袭杀鞑靼大汗孛儿只斤·阿岱和太师阿鲁台，之后又于正统初年杀死贤义、安乐两王，统一蒙古帝国，他奉孛儿只斤·脱脱不花为汗，自为丞相。
