这场瘟疫不仅造成了大量百姓的死亡，而且更是直接摧毁了明军的战斗力，尤其是九边重镇中的大同、山西、蓟州、宣府等镇直接被摧毁。当李自成从西安发兵攻向京城之时，一路上几乎没有遇到像样的抵抗，很容易便杀到了北京城下。
明朝京师也是一样，瘟疫之前驻守京师的军队至少有十万，而瘟疫过后便只剩下了五万多人，以至于闯军杀至城下时，守城将领即使低声下气求人守城，仍然是"逾五六日尚未集"，最后连三四千宫中太监都上了城墙。而即使如此，城墙上平均五个城垛才有一个士兵，瘟疫中的守城明军"鸠形鹄面，充数而已"。
这种情况下，明廷的北部防线已经是形同虚设，而李自成灭亡明朝之后，也没有对北部边防进行加强，已经被瘟疫摧毁的北部防线，又如何抵挡清军入关。
综上所述，就算吴三桂没有"冲冠一怒为红颜"，放清军从山海关入关，无论是明廷还是李自成，都无法抵挡清军入关，唯一能改变的，也仅仅是清军入关的时间和路线罢了。
