如上所述，虽然此时山海关尚未丢失，但由于清廷向蒙古逐步渗透，已经可以随时绕道蒙古入关，明廷已经是防不胜防。
明末瘟疫横行十余年，九边重镇已无力抵抗
弘治年间，明廷为了加强北部防线，曾在东起鸭绿江、西抵嘉峪关，绵延万里的北部边防线上相继设立了辽东镇、蓟州镇、宣府镇、大同镇、太原镇（也称山西镇或三关镇）、延绥镇（也称榆林镇）、宁夏镇、固原镇（也称陕西镇）、甘肃镇等九个边防重镇，史称"九边重镇"。
在明末卫所制全面崩溃的情况下，除辽东镇外的其余八个重镇已经是明廷最后的战斗力保障（后金崛起后辽东镇已丧失作用），尤其是在整个漠南已经被清廷占领的情况下，想要阻止清军入关，除了固守山海关之外，还必须以八个边镇为核心加强整个北部防线，然而明末的这场大瘟疫，却直接摧毁了明朝的北部防线。
