法院经审理后认为，被告人祝某某到案后如实供述监察机关未掌握的贪污、受贿犯罪，系自首，可对其从轻、减轻处罚；祝某某在提起公诉前如实供述自己罪行、真诚悔罪、积极退赃，避免、减少损害结果的发生，对其从轻处罚；祝某某有贪污犯罪同类前科、索贿情节，对其从重处罚；祝某某在侦查阶段即认罪认罚，可对其从宽处罚。
2021年9月29日，法院一审判决：被告人祝某某犯贪污罪判处有期徒刑十年六个月，并处罚金人民币150万元；犯受贿罪，判处有期徒刑六年六个月，并处罚金人民币80万元，决定执行有期徒刑十三年，并处罚金人民币230万元；对祝某某违法所得人民币2631万元，依法予以追缴，上缴国库。
黑龙江交通系统多人被查，包括前后两任交通厅长
在祝某某此次被查之前，黑龙江交通系统已有多人被查。
2020年6月23日，据黑龙江省纪委监委网站消息，该省高速公路管理局原党委书记、局长段钢文涉嫌严重违纪违法，接受纪律审查和监察调查。段钢文简历显示，其曾于2000年至2010年期间，历任鹤伊公路管理处政工、人劳科科长、管理处副处长、处长等职，与祝某某共事多年。
2020年9月18日，据黑龙江省纪委监委消息：黑龙江省交通运输厅原党组书记、厅长于飞涉嫌严重违纪违法，接受纪律审查和监察调查。据官方简历，于飞于2013年调任黑龙江省交通运输厅党组书记、副厅长。2014年12月，于飞任黑龙江省交通运输厅厅长，任职5年半，至2020年6月转任黑龙江省人大财政经济委员会副主任委员。
2021年10月12日，于飞因严重违纪违法被开除党籍和公职。据黑龙江省纪委监委通报，于飞“身为党员领导干部，政治上蜕变，毫无理想信念，背离初心使命，对党不忠诚、不老实，欺骗组织；无视中央八项规定精神，贪恋物质享受，长期出入私人会所，大肆收受礼品礼金；经济上贪婪，既要当官，更要发财，与不法商人大搞权钱交易；生活上腐化，道德败坏，追求低级趣味，严重损害党的事业和形象。其行为已严重违纪违法，并涉嫌受贿犯罪，且在党的十八大乃至党的十九大后仍不收敛、不收手，性质极其严重，影响极其恶劣”。
澎湃新闻注意到，于飞的上一任黑龙江省交通运输厅厅长高学文也被查。
高学文生于2007年任黑龙江省交通厅副厅长，2013年出任黑龙江省交通运输厅厅长。2013年于飞调任黑龙江省交通运输厅党组书记时，时任厅长正是高学文，两人在一个班子中共事1年多。2014年10月，高学文落马。同年12月，于飞出任黑龙江省交通运输厅厅长。
2019年4月19日，黑龙江省交通运输厅官网曾刊发《中共黑龙江省交通运输厅党组关于巡视整改阶段进展情况的通报》。据巡视整改通报披露，当时巡视组指出，2014年10月，原厅党组副书记、厅长高学文重大腐败案件被查处，涉案48人，其中有6名处级干部、2名科级干部被移送司法机关处理。
上述通报还提到，“厅党组书记于飞作为巡视整改工作的第一责任人，以身作则、以上率下，坚持直接抓、抓具体、抓到底，为全厅各级领导干部树立了标杆”。
