但这位年轻的新皇帝，能真正关注他祖父实行的高压行政措施对平民百姓的影响，他主张和向往的是实行理想的仁政。因而，他在政府的言论和行事上，实行了一些政治、经济方面较大的变革，可惜的是这些变革却招致了灾难性的后果。
他执政后，对自己的几位儒家师傅言听计从，发起了一些政治制度的改革，有些意图显然大大背离了太祖皇帝所做的安排。1380年因裁撤中书省而使中央一些行政机关被取消，但后来大部分都被恢复；许多制度也被修改，以加强文职行政功能和减轻政府的专制作风。
结果，因为削藩和权力重新分配，触及了太多人的既得利益，造成了国内局势不稳和内部危机出现。加上对明太祖所实行的严厉法律制度的改进，减轻前朝某些过重税收做法的实施，以及对佛、道二教寺观所能拥有免税土地数量的限制等等，增加了打击面，扩大了对立面，促使得他的政权基础变得极其脆弱，经不起任何风浪。
燕王朱棣在自己的权力利益受到朱允炆的压制打击下，遂于建文元年（1399年）七月率众发动靖难之役，到了建文四年六月攻入南京，夺取皇位，并摇身一变成为了明朝第三位皇帝。次年改元永乐（1403～1424年），开始了一个新的历史时期。
