马皇后依然有一大遗憾，始终未能生育。深明大义、胸怀宽广的马皇后，对明帝宠幸其他嫔妃非但不加防范，反而借势鼓励，对有幸亲近明帝的嫔妃，马皇后倍加关怀抚慰。因此，不但获得明帝的好感，也使那些嫔妃对她心存感激。
汉明帝死后，马皇后一手带大的太子刘炟即位，是为汉章帝，马皇后被尊为皇太后。汉章帝拟为几位舅父加封爵位，马太后竭力劝阻："你想想，那些怂恿你给舅父封爵的人，无非是为了使你满意，而从中自己得到好处。前朝景帝和成帝任用外戚当权，他们都造成了恶果，马家应该引以为戒。"汉章帝对皇太后的无私精神深表敬佩。此后，章帝又有几次给国舅封邑加侯的机会，但都被马太后最终制止住了。马太后在历史上留下了不庇外戚的美名。
建初四年（79年），马太后病殁于京都洛阳，年四十岁。马太后从十三岁入宫，二十七年间，其隐忍大度、深明大义、知情达理、善处人事而德昭三代后宫。因此，在几十年的宫廷生活中长期保持着至尊的地位，也为东汉初期的政治稳定发挥了积极的作用，无愧是一代母仪天下的后宫女主。
