同年十一月十三日，武昌三镇失守，湘军水师统帅杨载福、陆师将领李续宾率主力顺流东下至九江，开始日夜不停四面环攻六昼夜，均被林启容一一击退，湘军屡败，死者无数。曾国藩知道强攻无效，就改变策略，先夺取新城、湖口，再开始玩湘军最擅长的挖壕围困。用半年时间，从1857年2月至6月，开挖六道长达三十多公里，深二丈、宽三丈五尺的濠沟，从三面合围九江。
林启容看见事态危急，急急派人前往天京求救，无奈当时洪秀全根本调不出援军，只能安慰一下，加封林启容为贞天侯。10月前后，湖口、新城被清军攻克，困在鄱阳湖中两年多的湘军水师得以分而复合，军势大震。杨载福更派水师十余营进驻九江城北的江面，至此九江四面合围，如同铁桶一般。
城中还在坚持，缺粮，就限制口粮，种植小麦蔬菜自给。没有矢石，就拆掉城中房屋，运砖上城。清军日夜环攻，还是攻不下。湘军几次开挖地道，放置炸药轰塌城墙，守军马上用砖木塞住缺口，随破随堵，誓死抵御，清兵不能进入。
一个月一个月过去，围困继续，外无援军，城中早已断粮，守军只能吃老鼠青草！连站起来的力气都没有了，但仍然坚持不肯投降。
到了1858年5月19日这一天，"轰隆"一声，砖石飞腾，山岳震撼。九江城南城墙被湘军埋下的炸药炸塌了一百多丈！这次面积太大，将士又饿又疲劳，已经无力堵住。但爆炸之后，缺口就在面前，湘军却是畏惧不敢上前，直到看清楚还站得起来的守军只有几名，方才蚁附而上，九江终于被攻陷。
