很快，就有人告发了刘屈氂在整个"巫蛊之祸"是江充的靠山，汉武帝勃然大怒，立刻命人将其腰斩于市。此外，对于领兵在外的李广利，武帝也是毫不客气，汉武帝不管他是否会在外面拥兵自重，直接将李广利的妻子儿女全部抓了起来，在外同匈奴作战的李广利听闻此事后，非常惊恐，最后竟然做出了让所有人都想不到的决定，让数万汉军深入匈奴腹地送死，而自己则投降了匈奴人。
除了这两位幕后主使外，还有景建、李寿、张富昌等人，他们都是害死太子的凶手之一。将"巫蛊之祸"的反动势力清除后，汉武帝陷入了深深的自责中，他明白了自己是多么的居功自傲，骄傲自大，导致了自己心爱的天子身亡。后来，他还命人修建了"思子台"表示对死去太子的缅怀，这才最终代表着武帝晚年的"巫蛊之祸"的结束。
