"天京事变"后，石镇吉率军从石达开转战皖、赣，后入浙、闽。自龙游越青萌岭，克遂昌、松阳、处州，以功封协天燕，时王爵之下，燕爵最尊，翼王麾下，不过数人而已。镇吉等乘胜窥金华，大破总兵周天受于处州，斩知府唐宝昌，克缙云、武义、永康，浙南大震，自是石国宗威名大噪。复率军援江西临江，大破湘军刘长佑部，但之后在湘军围攻下败退阜田。后率军自宁溪铁牛关入闽，克光泽、泰宁、宁化、汀州、围建宁府，所向披靡，福州大震。镇吉骁勇矫捷，所向无前，清吏皆惧之。其治军严整，麾下有犯法者，皆不容贷。之后翼王自汀州拔队东还入赣，镇吉率孤军入广东，破嘉应、永明，镇吉张协天燕锦旗，众号数万，声势甚盛。但由于长期没有固定的根据地，加之兵员、后勤等无法补给，又与石达开分兵而进，石镇吉虽骁勇矫捷，亦不能长久。
1859年正月，石镇吉、石镇常、石镇发等率部众数万人入广西境，围桂林省城，镇吉等凡六攻城，皆不克，士马皆惫。攻永淳，不能克，攻思恩府，国宗石达德战死。复围困百色城，穴地攻城，破城垣十余丈，清同知陶兆恩、署右江镇总兵富顺开濠树棚死拒，镇吉等死伤枕藉，攻城四十余日，皆不能入，士兵损失惨重。由于长期的征战，士兵们疲惫不堪，后勤兵援粮草不继，加之军中谣言四起，军心不稳，石镇吉只得命令部队迅速撤离百色，欲赴庆远与翼王石达开会合。3月22日，石镇吉率部行至安定匹夫关时，中了土司潘梧壮练伏击，与翼王外甥黄贵生、宰制陈玉麟兵败被擒，其兄石镇高、石镇奇，弟石镇发及养子皆战死。不久，石镇吉在桂林府被清廷下令凌迟处死，一代悍将就此陨落。
