最后，也是最重要的，当时太平天国最大的威胁是来自天京上游的湘军。
虽然湘军在1858年的三河之战中遭到失败，损失惨重，但从1859年开始，曾国藩和胡林翼就决定以主力进攻安庆。而安庆是天京上游的门户，安庆的存亡决定着太平天国的命运。
在这个关键点上，曾国藩的战略眼光要深邃得多。他明确说：“欲攻破金陵，必先驻重兵于滁、和，而后可以去金陵之外屏，断芜湖之粮路。欲驻兵滁、和，必先围安庆，以破陈逆（指陈玉成）之老巢；兼捣庐州，以攻陈逆之所必救。诚能围攻两处，略取旁县，该逆备多力分，不特不敢悉力北窜齐豫，并不敢一意东顾江浦六合。”
当太平天国高层谋划“二破江南大营”的时候，湘军已经完成了针对安庆的战略部署，并于1860年6月20日攻陷枞阳，彻底合围安庆。而此时，太平军主力还在苏州上海一带活动，到1860年9月，洪秀全才召集陈玉成和李秀成商讨解救安庆的措施。由于措施不当，安庆最终于1861年9月失守。
综上所述，1860年上半年，太平天国高层没有集中力量经营天京上游的安徽腹地，巩固后方，反而集中兵力用于威胁并不太大的江南大营，导致后方相对空虚，客观上给湘军合围安庆创造了机会。同时，太平天国集中用兵于长江三角洲，虽然开辟了财源，但也把易攻难守的地方掌握在自己手中，形成了兵力分散，被动挨打的局面。因此，这个战略决策是一个失误，是安庆失守的原因之一，也是太平天国灭亡的原因之一。
