朱棣当然不会坐以待毙，根据《明史·姚广孝传》中的记载，此时，在姚广孝的建议下，朱棣偷偷开始练兵''阴选将校，勾军卒，收材勇异能之士，道衍练兵后苑中，穴地作重屋，缭以厚垣，密甃瓴甋瓶缶，日夜铸军器，蓄鹅鸭乱其声''。建文元年七月，在建文帝密令北平都司指挥使张信（朱棣旧部，转头向朱棣举报，靖难之役后受封隆平侯）逮捕朱棣的情况下，朱棣举兵''靖难''。
做出造反的决定后，姚广孝是帮助朱棣练兵，开始造反后，姚广孝还帮助朱棣鼓舞士气，他是和尚，在当时可以代表着诸天神佛说话，《明史》中记载：''适大风雨至，檐瓦堕地'', 朱棣''色变''。姚广孝则表示：''祥也，飞龙在天，从以风雨。瓦堕，将易黄也''。两句话打消了朱棣的担心，也给了准备出征的将士们信心，有老天爷帮助，还有什么大事办不成？
靖难之役的四年里，姚广孝虽然受命参与战略决策，但本人一直待在北平，协助燕王世子朱高炽守备老巢：''每出师，命侍世子居守，严固备御，抚绥兵民，与赞谋策''，李景隆率领五十万大军围攻北平时，正好朱棣跑关外借兵去了，朱高炽在姚广孝的建议下死守待援，决不出战，终于守到朱棣回师：''内外合击，斩首无算''。
