这种制度自有其优势。一方面解决了政府入不敷出的局面，把人们从各种徭役中解放出来，也使得一些贪官污吏没有了巧立名目以剥削百姓的机会。
但"两税制"的弊端亦极其明显。首先，兼并土地合法化，许多沦为佃农的民户，向地主上交的租税是官税的十几倍甚至更多。其次，老百姓以实物缴税的弊端。比如两税制才开始实行时，每匹绢的价格是三千文，此后绢的价格一路下跌，四十年后跌到每匹八百文。这样，商户可以上下其手，而农户损失很大。再次，唐宪宗以后，把税收分为三份，一份送朝廷，一份给节度使，一份留州县。但州县听命于节度使，因此税收有三分之二进入节度使口袋，加剧了藩镇割据。最后，两税制造成了许多地方农户逃亡。
我们重点说一下农户逃亡。原先"租庸调"是先讲定田租多少，然后朝廷根据收上来的税赋做财政规划，可以称得上"量入为出"。但"两税制"的实施，是以制定此制度的前一年的田租为标准，来征收各地的税额。这样自然避免了朝廷调查垦田数目和账籍数目。但也导致了随地摊派，租额和税率也难保持全国一致了。对此，大臣陆贽的奏议中有详细的描述。
臣出使行经行，历求利病。窃知渭南县长源乡本有四百户，今才一百余户……其他州县，大约相似。访寻积弊，始自均摊逃户。凡十家之内，大半逃亡，亦须五家摊税。似投石井中，非到底不止。
逃户到了富有的地方，便可以大量开垦田地。因为税额早已经定下，人口、土地多了，分摊的便少了。这使得后来穷苦的更穷苦，富有的更富有。
