明朝末年，小冰河气候之下导致山东、山西、陕西等地水灾、旱灾、蝗灾迭起，最终在颗粒无收之下，流民产生，易子相食、骨肉相残比比皆是，与这些流民如影随形的便是瘟疫。
崇祯十四年，左懋第督催漕运便直陈：静海（今天津静海区）至临清（山东临清市），饥荒与瘟疫爆发，死者无算。
这种情况，伴随着流民潮、人口流动在崇祯十五年（1642年）时迎来高峰。"疙瘩病""肺鼠疫"等瘟疫接踵，直隶、山东、浙江等地无一幸免，五六月份时，''一巷百余家，无一家仅免，一门数十口，无一仅存者''。
面对这样的危局，最为可怕的是当时的医生采用治疗外感病方法、伤寒法都无济于事，并不能阻止局势蔓延。这种情况，更是与李自成、张献忠等人的农民起义，遥相呼应，让明王朝的大厦风雨飘摇。
