此时的崇祯帝在派遣派马绍愉为特使，同关外清庭进行谈判缓解外部压力的同时，又要应对李自成发动的攻势，但结局却是洪承畴的被清军俘虏、陈新甲因为和谈泄密被诛，李自成的兵围开封（也正是福王朱常洵所在）。
对于这样的动荡不安时局以及"天谴"下的瘟疫，崇祯帝又一次下发罪己诏。但与这些时局上的痼疾难返相比，在瘟疫的治理上，一个人的出现，一本书的出现，一个新的观点的出现让阻茛瘟疫的蔓延有了理论支持以及行之有效的方法。
他就是吴有性，一个类似当代钟南山院士般的明朝瘟疫学的扛鼎之人。面对当时瘟疫肆虐，以他所见、所感，在否定传统的六淫之邪造成的瘟疫的同时，他明确的指出这些瘟疫的发生乃是"四时不正之气所为"，并非如同伤寒病般一样的起因；还提出了"疠气"之说，指出了空气传播入口耳鼻，才以致于瘟疫的蔓延传播。
为了克服瘟疫，系统化的治疗瘟疫，他苦心孤诣，刻苦钻研，终于在同年完成了中国第一部系统研究急性传染病的书籍《瘟疫论》。在书中他不仅揭示了瘟疫病原，总结了瘟疫侵犯，更有对瘟疫的治疗药物的探寻，温疫学说的创立。这些成就，也对明末的瘟疫治理有着指导性的意见。
