邱二娘闻讯之后，找到表兄林怀，要求加入太平军。因太平军中也有一些女将，因此林怀答应让她加入。咸丰三年，众位好汉在笔架山起事，继而打起太平军的旗帜，与清廷抗衡。
不出半年，已有上万人加入其中，清廷派兵予以围剿，林怀额头被洋枪击中，出身未捷身先死，队伍随之也被击溃。
邱二娘在表兄死后，自称"顺天命邱娘娘"，拉起大旗重整人马，在官溪、半岭、驿阪等地大战清军，自此有了威望，成为义军首领。
翌年，邱二娘与林俊会师，势力范围迅速扩大至仙游、莆田等地。福建官员上奏咸丰帝，称："贼逆东起莆田，南至惠安，绵亘百里，尽为贼踞。有自称顺天命邱娘娘者，当为贼酋……"
