咸丰大怒，遂命福建官员务必将邱二娘拿获。不久后有告示贴出"举凡捉拿贼酋邱二娘者，赏白银一千五百两。"
重赏之下，必有勇夫；诱惑之下，必出叛徒。咸丰五年六月，邱二娘因叛徒陈桥等人出卖，遭清兵逮捕。随即被押赴泉州审问，牢狱当中，清兵施以各种毒刑，要其供出党羽，邱二娘纵使体无完肤，仍坚贞不屈，始终不肯供出同伙。见其年青，又有几分姿色，清兵轮番对其无礼，只留一息犹存。
六月十四日，邱二娘被押赴法场，施以凌迟寸磔之刑。此前三日，早已贴出告示，各地百姓闻讯之后纷纷涌到泉州观刑。行刑当日，早已水泄不通，都想看一看顺天命邱娘娘究竟是个什么样子。
可怜邱二娘，只在腰间系一块红布，周身上下再无一寸衣衫，被人用大笸箩抬至法场高台之后，将其捆在木架之上，扯掉腰间红布，在其胸口猛击一拳，乘其张口之际，将一粒木核桃塞入口中，使其不能口出大逆之言。
