即便是身为医生的皇甫谧也对已经成瘾的自己无能为力，甚至一度还想自杀。而在他的医书中，他还将当时很多服食五石散的人的情况记载了下来，其中有很多人为此失去了性命。因此，后来的药王孙思邈看到了五石散的巨大危害，他在晚年的著作《备急千金要方》中写道：
"有进饵者，无不发背解体，而取颠覆。余自有识性以来，亲见朝野仕人遭者不一，所以宁食野葛，不服五石，明其有大大猛毒，不可不慎也。有识者遇此方即须焚之，勿久留也。"
任何一个药方，如果能够治病，都有其存在的合理性，即便是孙思邈也不能将其随意废止，因此他先是改良了五石散的药方，使其治病所达到的功效相同，而又对人体没有那么多的损伤，确切来说没有原本的毒性。
新的五石散药方出来以后，孙思邈才在《备急千金要方》中叮嘱后人遇到原先的药方要即刻焚烧毁掉，让它不能再流传于世，以杜绝五石散的继续扩散，这自然是大功一件，这正是孙思邈医德的最好体现。
不过可能是新的药方还没有打开知名度而原先的五石散又流传太广，隋唐时期依旧有服食五石散的人，虽然服食五石散的人少了，但仍旧还是存在的，即便到了中晚唐时期，也还是有人在治病之外服食五石散。好在有越来越多的人对五石散的毒性有了认识，再加上医生们的奔走。五石散最终还是被历史所抛弃，成为一个过去时。
