不幸的是，当时汴京所面临的困境还不仅战乱这一点。在《金史》记下的汴京大疫前，"（五月）辛卯，大寒如冬"的天气吸引了几乎每一位汴京大疫研究者的视线。因为异常的天气会影响人体的免疫能力，亦破坏农业生产，让人们在灾难来临时更加脆弱。
战争造成的巨大精神压力、人口密度的陡然增大、食物的匮乏、气候的极端、生存环境的恶化……"予目壬辰首乱以来，民中燥热之气者，多发热，痰结咳嗽。医又不识时变，投半夏、南星等，以益其燥热，遂至咳血，肾涎逆涌，咯吐不已，肌肉干枯而死者多矣。"这就是李 杲 对当时城中染病者的描述。
二、 医学家对汴京大疫病情的认知
因为关于汴京大疫患者病况的记载，有且仅有李杲一人的描述，所以对于病因的判定，后人只能以李杲的记载为依据。但因为对这段记载理解的不同，人们得出了这场瘟疫是"流行性肠胃病"、"真性伤寒"、"肺鼠疫"、"流行性感冒"、"感染性肝炎或钩端螺旋体病"等多种结论。其中有关"肺鼠疫"的说法流传最广。
