就在祖逖把北方的局面打开，正积极积蓄力量，准备向黄河以北推进的时候，东晋统治阶级内部的矛盾却全面激化和尖锐起来。当时王敦和司马睿对抗，内乱蓄势待发。东晋政府派大臣戴渊为征西将军，让他坐镇合肥统领六郡之军，用来防备王敦，祖狄也要受到戴渊的节制。
（大兴四年）秋七月，大水。甲戌，以尚书戴若思为征西将军、都督司兖豫并冀雍六州诸军事、司州刺史，镇合肥。--《晋书·元帝纪》
司马睿对于北方世家大族出身的祖逖同样怀有戒心，因此，东晋朝廷在军事行动上采取了诸多限制。
虑有内难，大功不遂，感激发病……卒于雍丘。--《晋书·祖狄传》
