清政府为了表彰他的功绩，下了旨意让他在云南开藩设府，对他还算信任便命他镇守云南。康熙元年，吴三桂被封为平西亲王，这对于一再升迁的吴三桂同样受用，也因为如此权势达到顶点后，不但与清政府矛盾激化，而且还生出别样的心思，这平西王他想一直做下去，就是所谓的"世镇云南"。
但康熙这位雄才伟略的皇帝也不是吃素的，用了很多手段和方式收回他的特权，在很多方面尤其兵权受制于中央，而吴三桂当然不愿意就此罢休，吴三桂则以"构衅苗蛮，借事用兵"不断招兵买马，因此和清朝关系到了水火不容的地步。
这是康熙不愿意看见的，吴三桂这样的更不允许藩王存在，而朝中这类官员也不少，为了清朝的稳定统治先从尚可喜入手，最后才除掉吴三桂这心腹大患。吴三桂知道事已至此无可挽回，便暗中积蓄力量，康熙十二年诛杀云南巡抚朱国治，还喊出复兴明朝征讨清朝的口号，自称兵马大元帅拥兵造反。
