就这样随着大清王朝威势的减弱，十九世纪中后期，日本开始从政治、军事等多个方面对琉球实行管辖权，琉球国君主一再恳求日本，甚至表示愿意永久的朝奉日本，但是并不满足于此的日本拒绝了琉球，大肆进军琉球的日军烧杀抢掠、无恶不作。
无奈之下琉球全国上下奋起反抗，也打出了一部人民反击的血泪史。尽管琉球人民十分英勇，怎奈国力衰微，宗主国中国也深陷各国战争，早已自顾不暇，所以最终难逃灭国命运。
然而，如同三百年前一样，当日本的军队再次踏上这片土地时带来的仍旧是杀戮，在世界第二次大战期间，最惨无人道，血腥至极的冲绳岛战役就发生在这里，战役中，身怀琉球血脉的冲绳士兵伤亡惨重，这场持续近三个月的战争最终以美国投下的两颗原子弹作为了结点。
战败国日本也由此签订了《波茨坦宣言》，自此琉球成为了美国的军事基地，然而就在美日双方交接之时，日本竟借机下达了"玉碎令"，就是所谓的"焦土政策"，日军驻地部队对岛上的居民展开了惨无人道的屠杀，许多无辜的百姓被聚集在一起用手榴弹炸死，更有甚者强迫人民自相残杀。
