王保保此后，又在大同、雁门关等地持续和明朝军队作战，并且多次击败明军。洪武五年，徐达、李文忠、冯胜分别从雁门关、居庸关、金兰出塞，打算一举歼灭北元，徐达被王保保伏击，损失一万多人，李文忠也被王保保打败，损失惨重。只有冯胜一路大军勉强取得胜利。此战，王保保大挫明军锐气，保住了北元的命脉。可以说，到了后期，是王保保一直在支撑这北元的命运。
然而，随着蒙古各部的分崩离析，王保保最终只能立足于防守，并无力恢复中原。洪武六年以后，朱元璋再没听到王保保的准确消息，有人说他病逝了，有人说他被刺杀了。随着蓝玉北伐的成功，北元的势力几乎损失殆尽。到了明成祖朱棣时期，蒙古人已经不敢南下牧马。
朱元璋虽然没能得到王保保，但大明朝在朱元璋和朱棣父子的经营下，一度达到鼎盛，这比多少个王保保都重要。
