俄国人生活在高寒地区，他们喜欢穿貂皮保暖，但貂皮价格昂贵，猎户就想到用旱獭皮仿制貂皮。一些新手为了巨大利益就连病旱獭也不放过，不巧的是当时俄国境内有很多中国劳工被俄国人传染，俄国人直接将病号遣送回国。瘟疫就被带回来了。
知道了传染源，防治就进入了关键阶段，瘟疫的传播方式让伍连德陷入深思，他想到之前解剖日本女子时，鼠疫病菌是从她肺里发现的，伍连德很快就确定这次鼠疫是"飞沫传播"。他很快发表了文字资料，但却引发全世界的一片哗然，这引起了北洋医学堂首席教授梅斯尼的强烈反对。清政府怕伍连德一个人搞不定，便派梅斯尼来帮忙，谁料二人见面便闹分歧，梅斯尼不承认鼠疫经飞沫传播。他不戴防护措施接触病患很快便染病去世。他的死让大家坚信了伍连德的结论，大家都乖乖戴起口罩。但感染人数依旧不减，甚至开始增多。
伍连德一次巡查中发现，病死尸体都堆在城北，那里俨然成为乱葬岗，伍连德质问官府为何不处理尸体，官员称正值冬天，土地冰冻无法挖坑，只能等开春再处理，但瘟疫不能等，伍连德提议火葬。伍连德连夜书信清政府颁布圣旨请求火葬。这却遭到了人民又一次反对，他们提倡入土为安坚决不肯。就在僵持之时，圣旨及时到达，清政府同意了火葬要求。伍连德举行了有史以来第一次集体火葬，大火烧了3天3夜。一个月后，吞噬6万人性命的恐怖瘟疫终于结束。伍连德并未马上离开哈尔滨，直到东三省建立起第一个完备的防疫体系才离开。
伍连德因此被授予二等双龙勋章赐进士出身，医务人员获此殊荣的，在整个封建王朝历史上绝无仅有。1935年伍连德更被推举为诺贝尔医学奖的候选人，仁心仁术着实令人钦佩。
