第一次：冯云山被捕。拜上帝会创建于1843年，实际创始人是冯云山，洪秀全是名誉上的最高领导人，此时上帝会的宗教领袖和政治元首集于洪秀全一人。此时必须归功于冯云山抛弃妻子风尘仆仆到紫荆山传教和建立上帝会，并遥尊洪为教主，上承洪教旨，下传各地头目；洪、冯一元制权力运转流畅。但1847年11月，拜上帝会实际发动者和创建人冯云山被紫荆山士绅王作新捉捕，上帝会实际陷于群龙无首状态。1848年3月，杨秀清假托天父下凡传言，安抚会众；9月，萧朝贵学步于杨秀清，假借天兄附体传言，迎接天兄到人间。从此之后，"天父下凡"和"天兄传言"成为杨、萧安抚会众的伎俩，而上帝会的实际权力也在杨、萧崛起中悄然发生变化，洪、冯一元权力结构逐步转为代天父天兄传言的杨、萧和创教元老的洪、冯二元结构。
第二次：水窦村之战，萧朝贵重伤。1851年闰八月初一日，萧朝贵、罗大纲等人率领太平军攻占永安（今蒙山），打下太平军起义以来的第一座城池。次日，清军广州副都统乌兰泰即率部到永安州夏宜村并进驻到离州城十余里的文墟，此后的2个多月里，清军与太平军在永安城外的水窦村、莫家村、卫龙村等地展开了频繁争夺战，到10月，清军已募到人员数万人，继续对永安州围困，并分三路进攻永安城。萧朝贵在太平军中号称第一勇将，"遇战当先"，被清军称为"凶悍首逆"。面对清军的围攻亲自出城督战，通过突袭和设伏等手段最终取得水窦村战役胜利。然而，此战虽胜，却遭受重大损失：萧朝贵在指挥战斗时受了重伤。从1851年10月20日天兄下凡传言安抚诸王和1852年3月下凡留下"各放胆宽草"五字鼓励将士攻取桂林外，萧朝贵在太平天国的政教事务或活动中悄无声息，沉默不语，直至1852年7月重新回到天国事务与教务中，但他却又迅速在长沙之战中陨殁。
根据有关研究，从1848年9月到1851年闰8月1日三年多时间，萧朝贵代天兄传言达120多次，在太平天国早期的政教事务中力压杨秀清的代天父传言，举凡上帝会的人事变动、洪秀全行踪、洪秀全家属安置、会众思想教育、会众奖惩、军师人选、私人生活、扯旗与称王时间、中枢决策、金田团营等等无论一切琐碎与关键事务，俱决于天兄(实际是萧朝贵)，而洪秀全、冯云山只有俯首受命，杨秀清则处于配角地位，天父传言也被日趋边缘化，萧朝贵基本控制了上帝会的中枢决策系统。但水窦村之战后，受重伤的萧朝贵丧失了参与天国政、军、教活动的能力，缄默近一年时间，以致在其受重伤后的第七天，洪秀全展开的"永安封王"活动，代天父传言的东王杨秀全取得"节制诸王"的无上权力，而原先已经取得和杨秀清几乎平起平坐甚至还要高的地位的萧朝贵，在此事件后丧失自己更高的权力，自动退出权力核心。因此，水窦村之战，是影响太平天国核心权力结构发生重大变化的一件重大事件。
