然而就像苏联与西方在二战胜利后反目成仇一样，在塔利班政权被推翻以后，美国和北方联盟的反塔“同盟”关系受到了重大挑战，而美国在中亚地区军事存在的加强也引起了俄罗斯担忧。但在国际社会的大力促成和联合国的直接运作下，各方最终还是达成协议，组建了一个临时过渡政府，由卡尔扎伊任临时政府领袖，而北方联盟仍在政府中占据了重要地位。
俄罗斯外长拉夫罗夫与阿富汗前总统卡尔扎伊在莫斯科会议开始前互相问候。（2019年5月28日）图自AP
2000年代初期，俄罗斯与阿过渡政府建立了很高水平的双边关系。阿当局高度赞赏俄方在其塔利班反抗运动中提供的支持。时任外交部长阿卜杜拉2002年在被记者问及苏联与阿富汗的旧怨是否会成为阿俄两国关系的阻碍时曾表示，“我们都知道，俄罗斯不是苏联”。根据俄罗斯的数据，2002-2005年间俄罗斯无偿向阿富汗政府提供了2.2亿美元的军事和技术援助。
但是，俄罗斯与阿富汗政府的良好关系，在很大程度上取决于“北方人”在权力结构中的主导作用。2004年阿富汗举行新政权上台以来的首次选举，卡尔扎伊正式当选阿富汗总统。此时北方联盟的地位已被大大削弱，并且它也逐渐融入美国建立的经济体系，更加依赖西方。在这一阶段，俄罗斯的对阿政策出现了多元化的迹象——即与“北方人”疏远，更广泛地与各派系结交。
值得注意的是，卡尔扎伊在他执政后期表现出了更加亲俄的立场（这也为日后他被美国抛弃埋下了伏笔）。2012年在普京重新担任总统之后，喀布尔方面表示了对俄罗斯在阿富汗发挥积极作用的期待。俄罗斯方面也表示，准备积极参与阿富汗的经济重建，继续为阿安全部门提供援助。在俄罗斯的倡议下，上合组织决定给予阿富汗观察员地位。拉夫罗夫当时表示，此举将使莫斯科和喀布尔能够在必要问题上更密切地合作。
