这种内忧外患的情况下，当时新疆地区的回族和维吾尔族人，在陕甘地区发动起义。
起义队伍打着反对清朝政府统治的旗号，先后攻占新疆的大片领土，但是这些打着反清旗号的武装力量，刚开始时就被少数极端分子，篡夺了领导权，他们的实力不壮大，到了1870年，基本控制了整个新疆地区，这次暴乱就是历史上著名的阿古柏动乱。
当时这场暴乱势力如此强大，而且攻城略地速度也极快，其实背后有着帝国主义的支持，其中英国和俄国都直接支持了暴乱，这两个帝国主义列强，想通过扶持暴乱发动着，从而分裂我国疆土，获取利益。
当时清政府面对这场暴乱，非常震惊，朝廷决定马上派兵征伐。但放眼整个朝堂之上，能够担当如此重任的官员，寥寥无几，后来朝廷经过思虑，派出了左宗棠。
朝廷给了他几万人马 ，让他带领清兵入疆作战。当时暴乱的叛军有几十万，但清军只有几万，而且还的长途跋涉，进入新疆。
