乾隆三十八年（1773年），颜希深奉旨前往京师，朝廷把他调到四川西北高原藏区，参与攻打金川土司的战事，辅佐鄂宝管理军饷，同时帮助河南布政使打理供应前线钱粮方面的事务，他想尽办法确保了前线军粮的供应。
乾隆四十二年（1777年），颜希深擢升湖南巡抚。不久，回京任兵部侍郎。
乾隆四十五年（1780年）四月，颜希深先出任贵州巡抚，后又调任云南巡抚；七月，卒于任上，后归葬广东长宁（今新丰县）锡场镇（现属东源县），终年51岁。颜希深著有《静山奏议》及诗文集，入清代汉族名宦列传。
颜希深去世时，其儿子颜检已身居要职，因诰赠光禄大夫。
颜检：宦海浮沉屡起屡落
