他随即接任兵部侍郎，力推郕王为帝，调派南京、山东、河南、北京等地驻军前来抗敌，统筹兵士整编、粮草供应，运筹帷幄，派遣一万将士伏击瓦剌骑兵，瓦剌大败，士气大损，就此保住了京城。
锄奸镇国
郕王主政后，朝中重臣纷纷上谏，要郕王治王振的罪，诛其九族。王振余党垂死挣扎，当庭威吓，被户科给事当场打死，两方矛盾爆发，朝上一片混乱。郕王惊惧，要退朝躲避，于谦赶忙挤过人群，上前劝阻道："马顺死罪，打死不必追求。"王振余党不敢为死罪之人在朝堂争斗，一场大乱得以平息。此乱之后，吏部尚书王直感叹："江山社稷，全系于你了。此乱若不是你在，一百个王直也压不下来。"
这次朝乱之后，郕王对于谦信任备至，人事任免都听取他的谏言。于谦大刀改革，撤立了大批文武官员，整顿军机，强力抗敌。战场上立下"将领撤退斩将领，军士撤退斩军士"的军规，组织将士们死战。在于谦治理下，明军军风整肃，朝局渐安。
