在大火被扑灭后，在灰烬中发现了三具遗体残骸，由于烧的太焦，已经不能够准确的辨认，不过具当时的皇宫中的太监回忆说，这三具遗体残骸，分别是建文帝朱允炆和皇后马氏，以及长子朱文奎的，不过因为遗体残骸已经无法辨认，不能够就此证明就是建文帝朱允炆的遗体残骸，自此建文帝朱允炆的下落，就成为了谜案，一直存有多种说法。
有的说建文帝朱允炆出家为僧了，还有的说建文帝朱允炆当了道士，虽然都有相应的证据，不过最后这些证据还是都被一一推翻了，不过明成祖朱棣继位后，一直追寻建文帝朱允炆下落的表现，也是历史上真正存在的事实。
按照真实的历史来说，明成祖朱棣用尽半生的时间，都没能找到建文帝朱允炆，至少表面上是这样，也许明成祖朱棣和建文帝朱允炆私下里见过面，只是史书上没有记载了，不过即便是见面了，也不可能会像大明风华里演的那样，最终冰释前嫌。因为这两人之间的恩怨太深，并不是短暂的见面能够冰释前嫌的。
