此时的杨秀清呢，虽然由他指挥作战，当时大军北上，直捣北京城或许更有军事意义，但这个饱经苦难的九千岁，也想尽早享受荣华富贵，因此，个人欲望战胜了军事上的理智考虑，他最终 以天父下凡的名义，让洪秀全接受攻打南京城的战略。
因此在2月9日，太平军撤出武汉，一路水陆并进，3月8日便到了南京城下。打下南京城后，洪秀全把南京改名天京，并在这里定都。
不过，当时的罗大纲、英国人呤唎（A.F.Lindley）反对"建都"南京。这种想法和洪、杨二人的旨意南辕北辙，况且两大领袖并不信任罗大纲，因此他的建议并没有采纳。从此，建都天京成了太平天国胜利的成果，也成了太平天国走向失败的转折点。
进入天京城后，洪秀全大兴土木，建设豪华壮丽的天王府，妻妾成群，深居不出，天京城成了洪秀全的安乐窝。杨秀清呢，也豪奢骄横，野心勃勃，在两大领袖的带动下，太平军上行下效， 最终军心涣散，战斗力衰落。
