1356年，张士诚占据吴地，按照《吴江志》的记载这时沈万三已经去世，而1368年朱元璋才建立明朝。因此，沈万三帮朱元璋修建南京城和被抄家流放云南之事，自然也就子虚乌有了。
然而，明史言之凿凿，会不会是莫旦记载错误，毕竟莫旦与朱元璋年代隔了半个世纪，尽管莫家与沈家关系很好，也未必不可能记错。
不过，随着沈万三儿子侄子的墓志铭浮出水面，沈万三之谜也越来越清晰。
明朝初年，翰林学士刘三吾的《坦斋文集》内，有一篇《故吴兴处士沈汉杰墓志铭》，讲述了家族历史，其中沈万三侄子沈汉杰死于1371年，享年52岁。这篇墓志铭写于1291年，主要材料得自沈玠（沈万三之孙）提供的行状，应当说是相当可靠。
