两位太后恐怕都没有想到，她们为朱见深挑选的皇后仅当了一个月的皇后，就被朱见深给废了，而起因与朱见深宠幸的万贵妃有关。万贵妃自朱见深出生后就一直照顾朱见深，尤其是在朱祁镇被幽禁南宫之时，万贵妃曾尽心尽力地抚养和保护年幼的朱见深，和朱见深有着非常深厚的感情。朱见深当皇帝后曾想立万贵妃为皇后，但万贵妃年纪大，身份地位尴尬，此举遭到两位太后的反对，朱见深无奈才作罢。即便如此，朱见深当皇帝后也是专宠万贵妃。吴皇后竟找了万贵妃的过错，杖责万贵妃，触碰了朱见深的逆鳞，朱见深一时火起，下诏把吴皇后给废了。
《明史》：帝怒，下诏曰："先帝为朕简求贤淑，已定王氏，育于别宫待期。太监牛玉辄以选退吴氏于太后前复选。册立礼成之后，朕见举动轻佻，礼度率略，德不称位，因察其实，始知非预立者。用是不得已，请命太后，废吴氏别宫。"
被废后的吴皇后幽居安乐堂，曾经抚养过朱见深的皇三子朱佑樘，即后来的明孝宗。朱佑樘继位之后，感念吴皇后的恩情，将吴皇后放出出来，当作母亲抚养。只可惜，朱佑樘没有为吴皇后平反，也没有恢复吴皇后的名誉。或许，朱佑樘只是想维护父亲朱见深的名誉吧？因为一旦为吴皇后平反，则表明朱见深当年做的事情是错的，朱佑樘也只能将错就错。
